Организационная структура военно-морских сил Германии в период Второй мировой войны была весьма сложной. Высшим руководством ВМС являлось Главное командование Кригсмарине (Oberkommando der Kriegsmarine — ОКМ) во главе с Главнокомандующим. Оперативное руководство он осуществлял через Штаб руководства войной на море (Stabes der Seekriegsleitung — SKL). Эти структуры находились в Берлине. Руководству войной на море подчинялись флотское командование (Flottenkommando - FKM) и командования военно-морских групп (Marinegruppenkommandos — MGK). Первое отвечало за снабжение и боевую подготовку кораблей и непосредственное руководство операциями с их участием. Командования военно-морских групп отвечали за поддержание оперативного режима на ТВД, береговую оборону и осуществляли оперативное руководство силами флота, действовавшими в зоне их ответственности. К началу войны командующему флотом (Flottenchef) подчинялись командующий броненосцами (BdP), командующий разведывательными силами (BdA) и начальник подводных лодок (FdU). В свою очередь, командующему разведывательными силами подчинялись начальник миноносцев (FdT) и начальник тральщиков (FdM).
Впоследствии структура командования видоизменялась, должности переподчинялись, менялись названия, ликвидировались, вводились новые. В июле 1940 г. должность BdP была ликвиди¬рована, вместо нее в июне 1941 г. ввели должность командующего линкорами (BdS), в июне 1942 г. ее преобразовали в должность командующего крейсерами (BdK), в апреле 1943 г. — в командующего боевой группой (BdK), в октябре 1944 г. ликвидировали. В июне 1944 г. параллельно ввели должность командующего 2-й боевой группой, она просуществовала до апреля 1945 г. Должность BdA в августе 1940 г. преобразована в должность BdK, в октябре 1941 г. ее ликвидировали. В ноябре 1939 г. появилась должность начальника эсминцев (FdZ), которому подчинялись все ЭМ, в ве¬дении FdT остались MM и ТКА. В июле 1940 г. FdZ и FdT передали в непосредственное подчинение Flottenchef. В апреле 1942 г. должность FdT ликвидировали, мм передали в подчинение FdZ, для руководства ТКА была введена должность начальника торпедных катеров (FdS). Начальник подводных лодок с октября 1939 г. стал называться командующим подводными лодками (BdU), в июле 1942 г. вся эта служба передана в непосредственное подчинение ОКМ. В июле 1943 г. ввели должность начальника судов снабжения. В период с апреля 1942 по ноябрь 1944 г. в подчинении Flottenchef находился начальник минных заградителей (FdMinsch), а с января 1945 г. — командующий силами охранения (BdSich). Кроме того, в сентябре — октябре 1941 г. существовал так называемый "Балтийский флот" (Baltenflotte).
